从结构上讲，酵母是由真核细胞组成的真核生物，而乳酸菌是由原核细胞组成的原核生物。真核细胞中的遗传物质被核膜包围形成细胞核，而原核细胞中的遗传物质没有被核膜包围，即不形成细胞核。所以两者的主要区别是有没有核膜，或者有没有细胞核。
从生存条件来说，酵母不仅能在有氧条件下生存，也能在无氧条件下生存产生酒精；乳酸菌只能无氧生存，产生乳酸。
两者的使用也有区别。酵母的使用:
1.酿造啤酒的酵母；
2.医学上制成酵母片，如生母片，治疗饮食不合理引起的消化不良；
3.酵母还含有很强的抗氧化剂，可以保护肝脏，有一定的解毒作用；
4.在发酵过程中，面团经过一系列复杂的生化反应，形成面包产品独特的发酵风味；
乳酸菌的用途:
1.发酵乳制品的加工；
2.用于加工水果、蔬菜和谷类产品；
3、制作优质青贮饲料；
4.乳酸的生产。
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